Сюжет развивается вокруг попыток Андрея восстановить работоспособность корабля и подключиться к другим оставшимся объектам в системе. Он обнаруживает повреждения на корабле, которые мешают выполнить прыжок на околосветовую скорость, что ограничивает его мобильность и оставляет в состоянии неопределённости. Система поддерживает связь и помогает в ремонте, но многое приходится делать самостоятельно. При обследовании остатков колонии Марка-3 Фокин и его спутник Рем обнаруживают разрушенные города и тела, пролежавшие почти шестьдесят лет, что усиливает ощущение потери и безысходности.

Главный конфликт заключается в необходимости Андрея справиться с техническими проблемами, сохранением своего рассудка и выживанием в условиях, когда человечество фактически исчезло. Ему приходится принимать решения, связанные с исследованием оставшихся колоний, взаимодействием с искусственным интеллектом и поиском союзников среди тех, кто ещё контактирует с земными технологиями. Несмотря на отсутствие помощи, Андрей старается действовать разумно и не поддаваться отчаянию.

На протяжении повествования поднимаются вопросы о природе человека, правильности решений и чувствах, которые могут влиять на выбор. Андрей размышляет о том, что значит быть человеком в такой ситуации, делая выводы о важности чувств и понимания. Взаимодействие с искусственным интеллектом Ватсоном способствует развитию образа человечного поведения в машине, что помогает Андрею справляться с одиночеством.

В заключении романа Андрей продолжает поиски выхода из сложной ситуации, исследуя разрушенные места и стараясь сохранить связь с живыми системами. Основная тема сосредоточена на выживании, принятии решений и сохранении человечности в условиях почти полного уничтожения цивилизации. Главный герой находится в ситуации, где исход зависит от его действий и способности адаптироваться к новым условиям.