Сюжет развивается вокруг работы секретной группы, в которую входят также персонажи по прозвищам Измайлов, Филипп Иванович и другие. Вместе они анализируют собранные материалы, ведут поиск новых зацепок и пытаются обнаружить связь между различными операциями и агентами, действовавшими в разные периоды. Основное внимание уделяется методичной и точной работе с информацией, а также необходимостью принимать взвешенные решения, чтобы не навредить текущим операциям и не раскрыть источники.

В процессе расследования возникают сложности, связанные с тем, что «Овация» не раскрывает сразу всю информацию, а работает дозированно и осторожно. Это вызывает напряжённость и необходимость тщательно планировать дальнейшие шаги. Главный герой и его коллеги сталкиваются с выбором между быстрыми действиями и необходимостью сохранять секретность для достижения более широких целей. Отдельное внимание уделяется взаимодействию между разными подразделениями и координации работы, что подчёркивает сложность и многогранность задач, стоящих перед героями.

Параллельно исследуется технологическая сторона процесса, где описывается сопротивление между инновациями и традиционным производством. Это отражается в диалогах о необходимости аккуратного внедрения новых технологий, чтобы сохранить устойчивую и понятную структуру производства. Также рассматривается роль человеческого фактора в работе, сравнивается эффективность механических процессов и старательного труда.

В финальных частях книги внимание сосредоточено на вопросах доверия и предательства, а также на последствиях, которые могут возникнуть после обнародования полученной информации. Главный герой сталкивается с проблемами морального и профессионального выбора, связанными с раскрытием правды и защитой национальных интересов. Важным становится понимание того, как внутренние действия влияют на общее положение дел и как непросто бывает сохранить равновесие между открытием и защитой информации.

Итоговая тема книги — необходимость балансирования между разными сторонами служебной и человеческой жизни, где решения главного героя и его коллег влияют на ход событий и на состояние доверия в среде спецслужб. «Беглый в Москве» предлагает последовательный рассказ о работе разведки, о её сложности и ответственности, а также о тех проблемах, с которыми сталкиваются люди, вовлечённые в эти процессы.