В ходе расследования Каргополова сталкивается с различными препятствиями. С одной стороны, ей приходится ориентироваться в древних конфликтах и непростых отношениях местных жителей и бизнес-структур. С другой стороны, возникают трудности с тем, чтобы получить необходимую информацию и найти прямые доказательства, связывающие убийства с событиями прошлого. Кроме того, следователь вынуждена работать с ограниченными ресурсами и в условиях давления со стороны начальства и окружающих.

Одновременно с работой следователя в тексте присутствует сюжетная линия, связанная с журналистом Борисом Нифонтовым. Он прибывает в Хмелевск, чтобы подготовить серию материалов о происходящих событиях и клубке преступлений. Борис пытается наладить контакт с Каргополовой и разобраться в деле, используя свои профессиональные навыки и наблюдения. Его работа дополняет расследование, предоставляя внешний взгляд на происходящее и выявляя детали, которые могли быть упущены в официальном следствии.

Основные конфликты разворачиваются вокруг попыток понять мотивы преступника и его связь с прошлым города. Героям приходится анализировать старые события, собирать разрозненную информацию и делать выводы на основе косвенных признаков. Следователь и журналист сталкиваются с необходимостью выстраивать доверие друг к другу и с опасениями по поводу правды, которая может изменить восприятие истории города и раскрыть болезненные тайны.

Ключевая проблема заключается в том, чтобы не только найти убийцу, но и понять послание, скрытое за деревянными кубиками. Это требует от героев не только профессиональных навыков, но и способности сопоставлять современные события с историей, воспринимать сигналы из прошлого и разбираться в сложных человеческих отношениях. Их решения в ходе расследования влияют на исход дела и на развитие ситуации в городе.

В конечном итоге, сюжет фокусируется на расследовании серии убийств, раскрытии истинных мотивов преступника и поиске справедливости при ограниченных возможностях. Важной темой остаётся связь прошлого и настоящего, а также сложности, возникающие при попытках разобраться в событиях, на первый взгляд исчезнувших в истории, но продолжающих влиять на жизнь героев.