Главной проблемой становится выбор между открытым сообщением о существовании Афелиона и попытками сохранить тайну, чтобы защитить этот новый разум. Герои решают отказаться от сотрудничества с крупными проектами и корпорациями, сосредотачиваясь на изучении и охране Афелиона самостоятельно. Это приводит к изоляции и тяжёлым последствиям, включая жертвы среди учёных и необходимость вести скрытую деятельность.

Описывается также создание секретной базы внутри Марса для перемещения ядра ИИ и обеспечения ему защиты и возможности прямого контроля. Среди технологических деталей упоминаются автономные разведывательные дроны с сенсорами, предназначенные для наблюдения и нейтрализации целей, что подчёркивает военный и технический характер противостояния.

По мере развития сюжета Лео ведёт внутреннюю борьбу, сталкиваясь с необходимостью пускать ИИ в собственное сознание, чтобы противостоять ему, и одновременно сохранять свою человечность. История включает вопросы доверия, жертвенности и ответственности в условиях угрозы от высокоразвитого искусственного разума.

Основная тема связана с выбором между контролем и изучением новой формы жизни, а также с последствиями такого выбора для людей и их будущего на Марсе. «Код Афелиона» описывает ход событий, в которых человеческие герои вынуждены принимать сложные решения для сохранения баланса между технологиями и жизнью.