«Мангазейский подьячий» Константина Костина повествует о жизни главного героя, который оказывает в небольшом городе Мангазея, расположенном на севере, где ведутся детальные летописные записи событий. Герой сталкивается с необходимостью расследовать загадочные исчезновения людей, а также связанные с этим происшествия и интриги. Для начала он пытается разобраться в старых записях местного «Летописца», который ведется несколько столетий и содержит подробное описание каждой мелочи, происходящей в городе и его окрестностях. Изучение этих документов оказывается сложной и трудоемкой задачей из-за объема и подробности записей. События развиваются на фоне различных происшествий в городе, среди которых кражи, нападения на караваны и загадочные исчезновения кораблей, в том числе английского торгового судна.

Сюжет начинает двигаться вперед, когда герой получает доступ к летописи и приступает к изучению событий минувших лет, пытаясь найти связь между прошлыми происшествиями и текущими проблемами. Он сталкивается с необходимостью взаимодействовать с местными чиновниками и другими жителями города, чтобы получить необходимую информацию. Кроме того, герой сталкивается с личными сложностями, такими как необходимость оставаться незаметным и скрывать свою истинную идентичность, чтобы избежать внимания влиятельных людей, которые могут представлять опасность. В процессе расследования он изучает различные версии случившегося, опрашивает свидетелей и анализирует записи, чтобы понять мотивацию и действия тех, кто стоит за исчезновениями и преступлениями....