Милые кости — это повествование о четырнадцатилетней девочке по имени Сюзи Сэлмон, которая была убита. После смерти она оказывается в некоем промежуточном мире и наблюдает за происходящим в жизни своей семьи и знакомых. Смерть Сюзи становится отправной точкой развития сюжета. Её убийство сильно влияет на близких, особенно на родителей и старшую сестру Линдси. Семья пытается справиться с утратой, сохранить связь с девочкой и разобраться, кто стал виновником произошедшего. В это время Линдси и другие члены семьи сталкиваются с внутренними конфликтами, связанными с горечью и желанием понять случившееся.

Кроме того, среди ключевых событий описываются школьные и общественные обстоятельства, которые окружают героев после трагедии. Конкурс на лучшую мышеловку, который организуют ученики, и вопросы об ответственности и наказании за преступление становятся частью общего фона. Сюжет включает сцены из лагеря для одарённых детей, отношения между подростками, а также взаимодействия с полицией и учителями. Главный конфликт строится вокруг попыток семьи и близких найти справедливость и восстановить порядок после трагедии....