В ходе событий внимание сосредотачивается на изучении Великой пирамиды, которую предлагают рассматривать не просто как гробницу фараонов, а как конструкцию со сложной внутренней структурой и, возможно, функционалом, связанным с вычислениями или хранением знаний. Существуют предположения, что пирамида отражает в своих размерах карту Земли. Герой и его спутники намерены провести точные измерения и анализ, чтобы проверить эти гипотезы.

Параллельно в книге описывается, что в распоряжении Наполеона и его научной команды оказываются различные древние артефакты, такие как бронзовая пластина с изображениями в египетском стиле, полученная в ходе военных действий в Италии. Этот предмет считается ключом к разгадке древних посланий и может содержать сведения о скрытых помещениях под пирамидой и иных тайнах. В процессе работы над этими загадками Итан сталкивается с необходимостью проникать в древние знания, для понимания которых важно сочетание математических расчётов, исторических сведений и расшифровки символов.

Конфликт в книге строится на противоречии между традиционными представлениями об истории и возможностью новых научных открытий, которые могут изменить понимание прошлого. Итану приходится принимать решения, связанные с доверительным сотрудничеством с французским военным начальством и сохранившимся научным сообществом, а также преодолевать сомнения относительно подлинности и значения найденных материалов. Из-за отсутствия письменных объяснений от древних строителей пирамида остаётся загадкой, которую героям предстоит разгадать, используя имеющиеся данные и современные методы измерений и анализа.

Заключение книги фокусируется на научном исследовании пирамид как объекта, содержащего закодированную информацию и имеющего значение для понимания человеческих знаний и истории. История подчёркивает, что целью экспедиции является не только военная победа, но и накопление знаний, поддерживающих развитие науки, в том числе математики и географии, о которых Наполеон и его команда проявляют особый интерес. Таким образом, Пирамиды Наполеона подчёркивают важность сочетания науки и практики в период исторических событий и открытий.