Одним из ключевых моментов становится попытка защитить информацию о «шифре генома», который представляет собой сложный биологический код, связанный с проектами учёного. Существуют предложения максимально защитить данные обработки генетических материалов, чтобы не дать возможности расшифровать их иностранным специалистам или противникам. Куприянову приходится иметь дело с техническими трудностями, бюрократическими препонами и интригами, которые мешают продвижению дела. Он обращается за помощью к бывшим коллегам учёного и специалистам из разных областей, чтобы понять масштабы происходящего.

Параллельно возникают конфликты с представителями правоохранительных органов и управленцами, которые настроены скептически и не верят в необходимость продолжать расследование из-за рисков и возможных последствий. Василий сталкивается с проблемами поиска и идентификации людей, так как некоторые документы были подделаны или переоформлены. Один из важных эпизодов связан с выяснением судьбы учёного, который после официального выхода из лаборатории фактически исчез, и одной из версий стало его принудительное перемещение под чужой личностью.

В ходе событий герой встречает людей, которые знают больше, чем готовы рассказать, а также становится свидетелем конфликтов в окружении пропавшей женщины и её окружения. Одновременно Куприянов пытается наладить отношения с коллегами и получить поддержку от начальства, которое колеблется между желанием прекратить дело и необходимостью разобраться в ситуации. В итоге расследование приобретает политический и социальный оттенок, поскольку раскрывает не только криминальные деяния, но и системные проблемы в системе безопасности и науки того времени.

Главной темой, вокруг которой строится сюжет, является поиск справедливости и правды в условиях сложного взаимодействия между наукой, криминалом и государственными структурами. Василию приходится делать выбор между риском для собственной безопасности и необходимостью довести дело до конца, несмотря на неблагоприятные обстоятельства. В результате его усилия приводят к раскрытию важных деталей, которые могли повлиять на ход истории и безопасность общества. При этом остаётся открытым вопрос о степени успешности и полноте выполненной миссии.