Основной конфликт связан с опасениями потерять ребёнка из-за вмешательства отца Маргариты и трудностями выстраивания отношений между героем и героиней. Их связь развивается под давлением внешних обстоятельств и внутренних противоречий. Также появляется женщина по имени Татьяна, которая представляется знакомой их сына и пытается наладить с ним контакт, что вызывает напряжение в семье.

Кроме этого, Сергей сталкивается с рабочими проблемами, связанными с задержаниями и расследованиями, которые влияют на его настроение и решения. Между тем Маргарита старается обустроить быт и устроить сына в детский сад, а сама находит работу поближе к дому. Через эти бытовые и семейные трудности проявляется основная тема книги — выбор между личными желаниями и вынужденными обстоятельствами, а также ответственность за близких.

К концу книги отношения между Маргаритой и Сергеем переходят из формальных в более серьёзные, хотя и остаётся неясным, чем закончится их совместная жизнь. Главной задачей героев становится научиться жить вместе ради ребёнка и попытаться выстроить доверие и взаимопонимание. «Замуж за подполковника» концентрируется на вопросах семьи, обязанностей и защиты близких в условиях непростой ситуации.