В книге описываются различные ситуации, с которыми сталкиваются микробы. Например, появляется уборщица Гигиенова, которая следит за чистотой в лаборатории и относится к микробам как к нежелательным объектам. Несмотря на её строгость, микробы пытаются сохранить свою среду обитания. Также рассказывается о семье Петьки, в частности о его брате, который работает на молокозаводе, перерабатывая молоко в простоквашу.

Петька и его знакомые проходят через разные события. Они участвуют в разговорах о теории микробов с учёным-теоретиком, узнают о лечении ран с помощью зелёнки и наблюдают за детьми, лепящими снежную бабу. В сценах с детьми раскрываются конфликты, связанные с отношением школьников и дошкольников к микробам и окружающей среде. Петька также взаимодействует с директором молокозавода, который подготовил для него приказ, что свидетельствует о признании его роли в рабочем процессе.

Главным конфликтом, который проходит через всю книгу, является противостояние между микроскопическим миром микробов и более крупными существами, а также необходимость найти своё место, оставаясь маленьким и незаметным. Петька, несмотря на своё микроскопическое состояние, стремится быть полезным и понять, как правильно вести себя в разных обстоятельствах.

В конце книги Петька задаёт вопрос своему отцу о том, когда он вырастет. Отец объясняет, что микробы всегда остаются маленькими, даже когда вырастают, и что это не повод для огорчения. Завершается повествование на том, что размер не определяет значимость и роли в окружающем мире.

Таким образом, содержание книги сосредоточено на повседневной жизни микробов, их взаимодействиях внутри капли и с внешним миром, а также на понимании микроскопического мира через призму главного героя и его семьи. Книга описывает разные аспекты существования микробов, показывая их как живых существ с собственной жизнью и проблемами.