В процессе поиска героям приходится сталкиваться с различными трудностями и препятствиями, связанными с проходом между мирами и изучением древних знаний. Им приходится получать пропуски и использовать специальные порталы, чтобы попасть туда, куда обычным способом пройти нельзя. Усилия направлены на восстановление утраченной информации о забытых порталах, которые могли бы помочь в спасении Маргариты.

Основная сложность заключается в том, что Темные миры закрыты и недоступны большинству, а вход в них требует специальных знаний и разрешений. Путешественникам приходится изучать древние легенды и взаимодействовать с хранителями, чтобы получить нужные инструменты и информацию. В ходе всего путешествия становится ясно, что литература Атлантиды и созданные на ее базе миры существуют параллельно с реальным миром, и перемещение между ними возможно только при определенных условиях.

Женька и его спутники постепенно приближаются к разгадке и учатся использовать древние порталы, что проливает свет на загадку исчезновения Маргариты. Их поиски связаны не только с поиском матери, но и с пониманием механизмов взаимодействия между мирами, а также с ответственностью за знания, оставленные древними цивилизациями. Таким образом, сюжет концентрируется на попытках преодолеть границы материального мира и проникнуть в неизученные пространства, возвращая забытые знания и раскрывая тайны прошлого.

В целом, «Загадка Атлантиды» ставит перед героями задачу спасения близкого человека в условиях, где знания прошлого становятся ключом к решению современных проблем. История касается темы поиска, ответственности за сохранение информации и использования древних открытий для изменения настоящего.