Миллиган переводится из обычного заключения в государственную клинику для душевнобольных преступников, где условия и методы лечения представлены как жесткие. В течение времени, проведенного в клинике, Билли приходится сталкиваться с рядом трудностей, связанных с нехваткой квалифицированного персонала и ограничением общения. Это влияет на его состояние и ход терапии.

Основным конфликтом является внутренняя борьба между разными личностями Миллигана и внешние препятствия в виде суда и условий содержания. Билли пытается осознать свою болезнь и принять лечение. Он ведет дневники и делится воспоминаниями, что помогает специалистам понять его состояние. Кроме того, герою приходится бороться за свои права в судебной системе и пытаться сохранить связь с окружающими, несмотря на ограничения.

Важной частью сюжета является взаимодействие Миллигана с психиатрами, адвокатами и другими людьми, которые участвуют в его деле. Их мнение и действия влияют на развитие событий и принятие решений о лечении и освобождении Билли. Особое внимание уделяется описанию условий в клинике и методам терапии, которые проходят пациент и его личности.

В конечном итоге история сосредоточена на попытках Миллигана справиться с комплексным психическим расстройством и найти место в обществе после периода заключения и лечения. В книге рассматривается вопрос о том, как сложное состояние влияет на личность, ответственность и восприятие окружающими. Войны Миллигана отражает процесс взаимодействия между внутренними конфликтами человека и внешними обстоятельствами, требующими принятия решений и поиска выхода из сложных ситуаций.