Основной проблемой для героев является неопределенность и невозможность понять, когда и придет ли Годо. Они находятся в ловушке повторяющегося действия, которое не прерывается и не изменяется. Конфликт между надеждой и разочарованием проявляется в их разговорах и поведении. Герои сталкиваются с внутренними сомнениями, усталостью от ожидания и трудностями в общем сосуществовании. Иногда они выражают желание разойтись, но неизменно остаются вместе.

Владимир и Эстрагон принимают решения о том, как вести себя в условиях неопределенности: иногда пытаются поддержать друг друга, иногда спорят о правильных действиях. Они пытаются заняться чем-то, чтобы отвлечься, поют, шутят и разговаривают, однако основное действие сводится к тому, что они просто ждут. Их выбор ограничен отсутствием ясности и невозможностью повлиять на ситуацию. При этом они не уходят с места, поскольку верят, что появление Годо изменит их положение.

К концу повествования нарастает ощущение безысходности и повторяемости. Герои остаются на том же месте, ждут того, кто, возможно, никогда не придет. Это ожидание отражает их ситуацию, а также ставит перед ними вопрос о том, как долго можно продолжать ждать и что делать, если надежда не оправдается. Книга заканчивается без конкретного решения, оставляя главных героев в той же позиции, в которой они были в начале, с продолжающимся ожиданием и внутренними противоречиями.