Действие включает встречи и разговоры Матвея с разными персонажами, которые влияют на развитие его взглядов. Особое значение имеют отношения с его сыном Вадимом, который станет для него испытанием и причиной духовного отступничества. Также в романе присутствуют другие ключевые герои, такие как правдоискатель Никанор Шамин, ясновидящая Дуня Лоскутова и профессор Шатаницкий, каждый из которых представляет разные стороны человеческой души и философских вопросов.

В романе раскрываются социальные и религиозные конфликты, включая противостояние традиционных верований и новых идей, борьбу между добром и злом, а также попытки понять роль человека в глобальных процессах. Героям приходится столкнуться с вопросами ответственности, веры и предательства. Ряд событий развивается на фоне исторических и философских размышлений, что влияет на общее развитие сюжета и выборы персонажей.

Отец Матвей вынужден принимать сложные решения, порой противоречивые его прежним убеждениям. Он пытается совместить свои религиозные взгляды с реальностью, которая часто противоречит официальной догматике. Конфликт между духовными обязанностями и личными сомнениями становится центральной проблемой для героя. В это время происходят различные встречи и обсуждения, в том числе планируется встреча с профессором Шатаницким и другими персонажами, что символизирует поиск новых путей понимания истины.

Книга заканчивается неокончательно, оставляя открытыми многие темы. В центре остаётся главный вопрос о месте человека во вселенной и его отношении к Богу и злу. Матвей Лоскутов пытается осмыслить эти вопросы, не получая однозначных ответов, что отражает главный философский мотив произведения — поиск смысла жизни и понимание сущности человеческой природы.