Главные действия разворачиваются на фоне столкновения духовного и материального миров, а также на фоне поиска смысла и понимания происходящего. Отец Целестин оказывается в ситуации, когда ему приходится самостоятельно разбираться в сложных обстоятельствах, без явной поддержки святых или очевидных знаков. Его ведут воспоминания и новые открытия, а также встречи с существами и духами, не вписывающимися в привычные рамки.

В процессе развития истории монах сталкивается с необходимостью сделать выбор между сохранением веры и открытостью к необычным явлениям, между традиционными догмами и новыми знаниями о мире. Он собирает нужные вещи для путешествия и пытается понять назначение своих действий и роль в происходящих событиях. Проблемою оказывается непонимание окружающими и одиночество в поисках истины, а также риск остаться неуслышанным или неправильно понятым.

В финале повествования остаётся акцент на ответственности героя за собственные решения и на необходимости идти своим путём несмотря на препятствия. Отец Целестин принимает факт существования сложного и не всегда понятного мира, наполненного как древними мифами, так и религиозными символами. Его путь связан с познанием этих явлений и попыткой вписать полученные знания в своё мировосприятие, что становится главной темой романа.