Далее книга описывает защитную речь Матео, его попытки обосновать научное значение своих исследований и объяснить, что наука считается им способом раскрытия замыслов Творца. Он разделяет понятия тела и души, подчеркивая, что его открытия касаются исключительно анатомии. Колон убежден, что его труд не противоречит религиозным текстам, а лишь иллюстрирует их смысл на физическом уровне. В рамках судебного процесса описываются также конфликты между новыми научными взглядами и устоявшимися религиозными нормами.

Кроме того, книга затрагивает детали жизни папы Александра Фарнези, который поддерживает анатома, но вскоре умирает, что влияет на дальнейшую судьбу исследователя и его труда. Происходит постепенное снижение влияния покровителей Колона, и ему приходится справляться с давлением религиозных властей и борьбой за признание своего открытия. Судебные слушания продолжаются, с важной ролью комиссии богословов, которая в итоге признает необходимым сохранить научное открытие в тайне и запрещает публикацию работы «De re anatomica» в соответствии с правилами инквизиции.

Главной проблемой для героя становится необходимость сочетать научный поиск с требованиями церкви и угроза наказания за открытие информации, которое может быть неправильно истолковано. Колон вынужден принимать решения, которые касаются не только его профессии и репутации, но и жизни. Действия персонажа фокусируются на попытках защитить свою работу и одновременно сохранить веру в соответствие с религиозными убеждениями.

Заканчивается повествование на моменте, когда анатом получает благословение умирающего папы, что символизирует окончание одного этапа в его жизни, но не разрешает всех проблем, связанных с его открытиями. Основной темой книги становится противостояние научного познания и религиозных ограничений, выбор между истиной и принадлежностью к установленным нормам, а также последствия, к которым приводит столкновение этих сфер.