Капитан Станкевич предлагает очистить корабль с помощью вакуумной обработки и повышения давления водородно-воздушной смеси в отсеках корабля. Такая мера предусматривает использование вакуума, низкой температуры и сжатого газа для выгонки и уничтожения насекомых. Операция повторяется несколько раз, что очищает внутренние помещения от пыли и загрязнений, а также должно уничтожить мух. В процессе некоторые объекты и живые организмы на корабле страдают и погибают. Малышев выражает сожаление по поводу утраты редкого экземпляра титанианской улитки, которую он изучал.

В ходе событий проявляются разногласия среди экипажа по поводу того, как следует относиться к этим существам — как к опасным вредителям или как к научной загадке, которую следует изучать и сохранить. Обсуждаются способы уничтожения мух, но также признается, что споры, возможно, уже не уничтожены и продолжают развиваться.

Сюжет строится на том, что экипаж сталкивается с неожиданной биологической проблемой в условиях космоса, которая требует срочного решения для обеспечения безопасности и работоспособности корабля. Главные трудности связаны с выявлением природы этих существ и выбором подходящего метода борьбы с ними. В конечном счете происходит специальная процедура очистки корабля с применением вакуума и сжатого водорода, которая позволяет контролировать ситуацию.

В центре рассказа стоит проблема взаимодействия человека с неизвестной формой жизни в космических условиях, а также необходимость принятия технических и биологических решений для защиты экипажа и сохранения оборудования. «Чрезвычайное происшествие» обращается к теме ответственности и выбора подхода к новой, непредсказуемой ситуации, характеризующейся конфликтом между сохранением живого и обеспечением безопасности.