В процессе подготовки и выполнения миссии епископ сталкивается с внутренними и внешними вызовами. Он вступает в контакт с демоном Тьмы, предлагающим свои услуги, но отказывается от прямого союза, стараясь сохранить контроль над своей судьбой и миссией. Епископ пытается использовать знания из древних трактатов и книг на деванагарском языке, чтобы разобраться в тайнах вызова и облегчить своё положение. Он также исследует средства возможных наказаний и пыток, не проявляя интереса к жестокости, но понимая важность информации и ресурсов для достижения цели.

Одновременно развиваются события вокруг замка и усадьбы, где происходят встречи и переговоры между представителями различных сил. Среди выраженных конфликтов — тайные договорённости с демоническими существами, политические интриги и подготовка к походу, который должен укрепить власть Святого престола и уничтожить следы языческого влияния. Епископу приходится принимать решения, которые определяют его личное будущее и помогают или мешают выполнению задачи.

В финальной части книги внимание уделяется запуску похода из леса близ деревни Замежье. Епископ и его сопровождающие выезжают на конях, направляясь в сторону Новгорода, где их ждет выполнение миссии. При этом основным конфликтом является выбор между использованием тёмных сил и сохранением собственной воли, а также проблемой сохранения власти и реликвий Святого престола. Книга завершает описание готовности к дальнейшим событиям, которые зависят от решений главного героя и его команды.

Таким образом, Череп епископа описывает сложную ситуацию, в которой оказывается дерптский епископ, сталкивающийся с задачами сохранения религиозной власти, поиском святыни и взаимодействием с потусторонними силами. Главная тема книги — это борьба за власть и реликвии, совмещённая с личным выбором героя и его стремлением контролировать обстоятельства в условиях политического и духовного кризиса.