В процессе развития интеллекта Чарли испытывает трудности во взаимоотношениях с окружающими. Ранее он сталкивался с насмешками и непониманием, а теперь ему приходится привыкать к новым знаниям и новым чувствам, а также к тому, что некоторые прежние друзья уже не воспринимают его так, как раньше. Появляются новые знакомства, некоторые из которых оказываются поддержкой, а другие создают дополнительные сложности. Он также узнаёт о научных экспериментах, связанных с мышью Элджерноном, которая прошла через подобную операцию.

В определённый момент после некоторого времени умственного роста у Чарли начинаются проблемы — его способности начинают ухудшаться. Это вызывает у него тревогу и подталкивает к решению уехать из города, чтобы не встречаться с людьми, которые будут его жалеть или видеть его в состоянии упадка. Чарли пытается сохранить часть знаний и навыков, продолжая заниматься самостоятельно, несмотря на ухудшение памяти и интеллекта.

Основным конфликтом является борьба Чарли с собственными ограничениями и изменениями, происходящими в результате операции. Он хочет сохранить достигнутый уровень интеллекта, но понимает, что на это влияют не только его усилия, но и физиологические факторы. Герой сталкивается с одиночеством и необходимостью принять изменения, которые происходят с ним, а также с трудностями в отношениях с другими людьми. Его решения касаются того, как поступить с новой реальностью и как дальше жить, когда ум начинает покидать его.

В конце повествования Чарли готовится уехать из города, чтобы начать новую жизнь в месте, где никто не знает о его прошлом и текущих проблемах. Он берёт с собой несколько книг и надеется, что сможет хотя бы частично сохранить свой ум и продолжать учиться. Также он просит не жалеть его и не воспринимать его состояние трагически, а помнить о том, что он получил шанс узнать что-то новое. Заканчивается рассказ размышлениями о том, что знание и интеллект имеют значение для Чарли, и что он стремится сохранить эти качества, несмотря на сложности.

Текст рассказывает о пути человека с умственными ограничениями, который прошёл через экспериментальную операцию, изменившую его жизнь, и о последствиях этого вмешательства. Сюжет отражает развитие интеллекта, изменения в восприятии себя и окружающего мира, а также внутреннюю борьбу главного героя с утратой новых способностей и поиском смысла в новой ситуации.