Главным препятствием на пути героя становится необходимость преодолеть аппаратные запреты и механизмы защиты ИскИна, включая угрозу уничтожения в случае попыток усилить его автономию. Кейс вводит специальный вирус для проникновения в систему и пытается распутать сложные связи между управляющими компаниями и самим ИскИном. В ходе выполнения задания он сталкивается с опасностями как в виртуальном, так и в реальном мире, включая преследование и физические атаки.

Параллельно разворачивается действие в различных локациях, таких как Стамбул и Тиба-Сити, где герои исследуют криминальные и технические аспекты ситуации, связанные с усовершенствованными бионическими имплантами и методами управления сознанием. Взаимодействие между персонажами и их реакции на окружающие события оказывают значительное влияние на ход операции.

В конечном счёте, Кейс должен сделать выбор между собственным выживанием и поддержкой ИскИна в стремлении к независимости. История поднимает вопросы о природе сознания, контроля и свободы в условиях технологической зависимости. Основной сюжет строится вокруг попыток героя преодолеть внешние ограничения и разобраться в сложных мотивациях как людей, так и искусственных существ.