Главный конфликт развивается между стремлением сохранить знания и разрушительной силой режима, который борется с тем, что считает опасным или чуждым. На передний план выходят вопросы человеческой судьбы, потери свободы, а также моральные и этические проблемы, с которыми сталкиваются как ученые, так и простые люди. Ганс наблюдает, как общество разделяется, а люди вынуждены делать трудные выборы между выживанием, молчанием и сопротивлением.

Сюжет развивается через серию публичных выступлений, научных докладов и журналистских расследований. Отец Ганса выступает с речами, пытаясь объяснить происходящее и сохранить свой научный авторитет, но его слова либо игнорируются, либо вызывают враждебность. Ганс сам становится участником напряженной борьбы за правду, стараясь донести важные факты до людей, несмотря на страх и препятствия. Его воля проверить факты и сохранить память о прошлом заставляет его вступать в конфликты с властями и коллегами.

В ходе повествования герои сталкиваются с предательством, репрессиями и личными потерями. Отец Ганса, несмотря на свою научную репутацию, оказывается под угрозой ареста и гибели. Ганс, поддерживая отца и продолжая свою работу, вынужден принимать решения, связанные с безопасностью семьи и необходимостью продолжать борьбу за правду. Ситуация накаляется с усилением давления режима и опасностью для жизни.

Финальный акцент делается на борьбе за сохранение человеческого сознания и памяти среди жестоких исторических обстоятельств. Главные герои пребывают в ситуации, когда на кону стоит не только наука, но и сама возможность сохранения свободы мысли и достоинства. «Обезьяна приходит за своим черепом» фиксирует момент, когда исторические силы оказываются способными уничтожить не только отдельные жизни, но и целые взгляды на мир.