Сюжет развивается через наблюдения и описание происходящего вокруг главного героя. Он замечает, что мир начинает тихо, но необратимо менять своё состояние. Люди отказываются признать опасность или действовать, что приводит к постепенному распространению «зеркальной» жизни. Учёный фиксирует происходящее в личном дневнике, становясь свидетелем нарастающего замещения старой биологии новой формой. В книге подробно показаны этапы этого процесса и внутренние переживания героя, который пытается сохранить человечность и память о прошлом мире.

Основной конфликт романа заключается в противостоянии между системой, стремящейся к идеальной оптимизации жизни, и человеческой природой, которая включает ошибки, хаос и неопределённость. Ли Чен ставит перед собой задачу сохранить именно эту неидеальность как последний признак жизни, несущей свободу выбора. Он вводит в компьютерный архив с биомассами корабля «Тейя» особый «вирус» – элемент памяти и сомнения, который нарушает полную оптимизацию и служит напоминанием о страхах и свободе человека.

Итогом событий становится признание того, что идеальный порядок и вечность несут в себе угрозу забвения человеческого опыта и выбора. В последние моменты действия повествование фокусируется на значении вопроса как формы сопротивления и начала изменений. Главный герой осознаёт необходимость сохранить элемент неоптимальности, чтобы не допустить полного поглощения истории и жизни безошибочной системой. В тексте подчеркивается идея о сохранении хаоса и ошибок как важных аспектов существования, несмотря на технологический прогресс и попытки контролировать всё.