Главные конфликты в книге возникают из-за различий между героями и жителями этих стран. Гулливер часто оказывается в положении иностранца, которого либо недооценивают, либо боятся. Ему приходится привыкать к незнакомым обычаям и законам, а также решать личные и социальные проблемы, связанные с его положением. Во многих случаях он пытается найти разумные выходы из конфликтных ситуаций, использует свою смекалку и знания.

Герою приходится принимать решения, которые касаются его безопасности, взаимодействия с местными властями и способности вернуться домой. Его приключения служат поводом для размышлений о человеческих качествах, управлении обществом и морали. Несмотря на разнообразие ситуаций, он сохраняет ясность ума и стремится понять причины тех или иных явлений в странах, которые посещает.

В финале повествования Гулливер возвращается на родину, где он переосмысливает свой опыт. Главная тема книги связана с критическим восприятием общества и человековедения через призму необычных обстоятельств, в которые попадает герой. Его выбор и выводы строятся на основе наблюдений за разными культурами и их устройством.