В процессе повествования раскрываются внутренние конфликты Геслера, связанные с его уникальными способностями и ответственностью перед окружающими. Он стремится понять свои силы и ограничения, а также сохранять контроль над собственным сознанием, что становится сложной задачей в условиях постоянных напряжённых ситуаций. Одновременно главный герой сталкивается с проблемами внутренней безопасности, соответствия установленным правилам и необходимостью взаимодействовать с различными службами, включая охрану и следственные органы.

Серьезное внимание уделяется расследованию проникновения врагов, которое ведёт обер-комиссар Ворошилов. Его работа связана с изучением документов и выстраиванием картины произошедшего. Эта линия помогает понять масштабы угрозы и сложности, с которыми приходится сталкиваться героям. Расследование выявляет, что наёмники и психические атаки применяются в попытках изменить баланс сил в государстве, последствия которых влияют и на главного героя лично.

Главный конфликт строится вокруг борьбы за безопасность и контроль над событиями, в которых психическая сила становится важным инструментом. Геслер должен принимать решения, связанные с применением своих способностей, сотрудничеством с другими псионами и организацией собственной обороны. Его действия происходят в условиях ограничений, как установленных академическими правилами, так и государственной политикой, что дополнительно осложняет ситуацию.

В финальной части книги внимание сосредоточено на том, как главный герой справляется с вызовами, возникающими из-за интриг и противостояния различных сил. Он продолжает осваивать свои возможности, выстраивать отношения с окружением и отвечать на угрозы, которые пытаются повлиять на ход событий. В книге поднимается тема ответственности за свои способности и необходимость делать выбор, который влияет не только на жизнь Геслера, но и на ситуацию в более широком масштабе.

Таким образом, Пси-ON. Книга II представляет собой последовательное изложение событий, в которых молодой псион сталкивается с внешними и внутренними трудностями, связанными с безопасностью, развитием личных возможностей и участием в борьбе за влияние на территории Российской Империи и академии.