Вторая часть посвящена способам колдовства, которые применяют ведьмы, а также защите от них. Рассматриваются лица, которым ведьмы не могут причинить вред, а также методы снятия злых воздействий. Авторы подробно обсуждают, как ведьмы вступают в своё ремесло, каким образом они совершают злодеяния и каким образом жертвы могут исцеляться. В этой части приводится теоретическое обоснование происходящего, опирающееся на богословские и философские источники.

Третья часть концентрируется на юридических и процедурных аспектах борьбы с ведьмами. В ней описываются правила судебного преследования, применение пыток, методы допроса свидетелей и обвиняемых, а также особенности разделения юрисдикции между инквизиционными, епископальными и светскими судами. Содержание этой части нацелено на практическое применение принципов из первых двух частей для эффективного выявления и осуждения ведьм.

Главные проблемы, рассматриваемые в книге, связаны с подтверждением существования колдовства, определением способов его работы и организацией судебной системы для борьбы с ним. Авторы предлагают жёсткие меры борьбы, подчеркивая необходимость преследования тех, кто занимается колдовством. Книгу отличает структурированное изложение взглядов на ведьм и инквизицию, опирающееся на богословские, юридические и философские аргументы своего времени.

Рассматриваются вопросы воздействия ведьм на людей и общество, вопросы доказательств, особенностей судебного процесса и способов защиты. В книге подчёркивается важность официального признания колдовства и обвинений в нём, а также определяются способы, которыми обвиняемые должны подвергаться суду. Текст фиксирует точки зрения на колдовство как угрозу христианской вере и общественному порядку.

Таким образом, «Молот ведьм» объединяет описание колдовства, практические рекомендации для борьбы с ним и установленные процедуры судебного преследования. Главной темой является необходимость жесткого контроля и наказания за колдовство во избежание угрозы религиозной и общественной стабильности. В итоге книга служит руководством для тех, кто занимался преследованием ведьм и формированием соответствующей судебной практики.