История развивается на фоне смуты и страха среди людей. Эльф сталкивается с недоверием горожан, которые обвиняют в распространении чумы эльфов и других групп. Этьену приходится защищать себя и Марин, когда толпа начинает нападать на них, считая причиной бедствий. В этих условиях расширяется конфликт между живыми и мертвыми, между магией и религией.

Священник отец Дидье выполняет роль посредника и наставника, обсуждая с Этьеном сложные вопросы веры и справедливости Бога. Эльф вынужден принимать трудные решения о сохранении жизни Марин, которая находится в состоянии между жизнью и смертью. Это вызывает внутренние и внешние конфликты, так как людям трудно принять такое существование.

Важным элементом сюжета становится кольцо, которое связывает судьбы героев и служит символом их выбора. Этьен должен вернуть кольцо Марин, что связано с необходимостью отпустить ее и смириться с утратой. Священник и эльф обсуждают, что те, кто присягнул служить, обязаны продолжать служить, несмотря на личные потери, и выбирают свои моменты для смерти.

Кульминацией становятся события в городе, где призраки мертвых и живые находятся рядом, но не могут найти покоя. Толпа, под влиянием призраков и бесов, становится враждебной и насильственной. Этьен пытается защитить отца Дидье и Марин, используя меч и магию, но давление внешних сил растет.

В конце Этьен принимает решение оставить деревню и отпустить Марин, понимая, что сохранить ее невозможно. Священник поддерживает его, отмечая, что служение и выбор требуют принятия неизбежных жестоких решений. Темы выбора между жизнью и смертью, верой и сомнением, служением и личным счастьем остаются центральными в развитии сюжета.

«Великая чума» рассказывает о том, как люди и сверхъестественные существа сталкиваются с последствиями эпидемии, как меняются взаимоотношения между ними, и какие решения приходится принимать в сложных обстоятельствах. Главный герой оказывается перед необходимостью делать трудный выбор, связанный с потерей и пониманием долга.