Главная трудность в расследовании заключается в том, что преступник показывает высокий уровень мастерства. Убийца тщательно скрывает следы, не похищает ценные вещи, что исключает мотивы грабежа. Это заставляет героев рассматривать другие версии, включая профессиональные навыки преступника, которые указывают на знание анатомии и, возможно, медицинский опыт. Ардашев покупает путеводитель по Крыму, чтобы составить список врачей, под подозрение которых попадают местные специалисты в области медицины. Однако поиск конкретного виновного осложняется из-за большого числа потенциальных подозреваемых.

В процессе расследования герои сталкиваются с внешним давлением и внутренними сомнениями. Ардашев понимает, что стал участником дела, выходящего за рамки обычного уголовного расследования, так как затрагиваются более глубокие и скрытые стороны жизни города и общества. Он посещает места, связанные с расследованием, встречается с различными людьми, включая секретаря Григория Распутина, что добавляет дополнительный уровень сложности. При этом Ардашев действует осторожно, осознавая, что подобные дела могут иметь опасные последствия для него самого.

Главные конфликты книги связаны с неопределённостью мотивов преступления и необходимостью разгадать тайну, не обладая полной информацией. Герой должен принимать решения, исходя из неполных или противоречивых данных, учитывая возможность угрозы для собственной жизни и жизни его товарищей. Его метод расследования отличается от стандартных полицейских подходов, он ищет нестандартные пути и больше опирается на анализ деталей и логики.

В финале произведения подчёркивается переход героев из обычной жизни в мир тайных и опасных событий, где привычные правила не работают. Клим Пантелеевич осознаёт, что перед ними стоит задача, требующая особого внимания и осторожности, а также что расследование связано с тайными силами, влияющими на ход событий. Таким образом, Черная магнолия представляет собой повествование о попытках понять сложную ситуацию и сделать выбор в условиях неопределённости, когда каждый шаг может иметь серьёзные последствия.